《國務院關于個人獨資企業和合伙企業征收所得稅問題的通知》(國發〔2000〕16號）規定，從2000年1月1日起，個人獨資企業和合伙企業不再繳納企業所得稅，只對投資者個人取得的生產經營所得征收個人所得稅。并且《中華人民共和國企業所得稅法》也明確規定個人獨資企業、合伙企業不適用本法。因此，對個人獨資企業只對其征收個人所得稅。
2006年1月實施的新《公司法》使得一人公司法律制度在我國首次得以確立，一人公司是依照《公司法》成立負有有限責任的法人企業，由于一人公司與其股東是兩個不同的法律主體，因此，在納稅時將一人公司與其股東分別對待，即對一人公司征收企業所得稅，再對股東分得的稅后利潤征收個人所得稅，實行雙重征稅。
企業所得稅法實施前，內資企業存在著計稅工資的限制，在此情況下，因企業所得稅的計稅工資與個人所得稅薪金扣除費用是一致的，所以個人獨資企業所得稅稅負要輕于一人公司稅負。
企業所得稅法實施后，新稅法取消了原對內資企業計稅工資的限制，對一人公司投資者的合理的工資支出可以在稅前據實扣除，而根據《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》（財稅〔2000〕91號）規定，投資者的費用扣除標準參照個人所得稅法“工資、薪金所得”項目的費用扣除標準確定，投資者的工資不得在稅前扣除。根據《財政部國家稅務總局關于調整個體工商戶個人獨資企業和合伙企業個人所得稅稅前扣除標準有關問題的通知》（財稅〔2008〕65號）規定其費用標準為每年2.4萬元，所以，個人獨資企業的所得稅稅負并不一定始終低于一人公司稅負。
例如，某個人獨資企業與某一人公司在個人獨資企業未扣除投資者費用，一人公司未扣除投資者工資的情況下，年度利潤相同，為22.4萬元，其個人獨資企業應繳納個人所得稅（224000－24000）×35％一6750＝63250元，稅負率為63250/224000×100%=28.24%。一人公司的投資者如果每月發放12000元工資，則其投資者個人年度工資薪金收入應繳納個人所得稅［（12000－2000）×20％－375］×12＝19500元，一人公司年度應繳納企業所得稅（224000－12×12000）×20％＝16000元，投資者個人分回股利收入應繳納個人所得稅（224000－12×12000－16000）×20％＝12800元，個人所得稅與企業所得稅合計為19500＋16000＋12800＝48300元，一人公司所得稅稅負為48300/224000×100％=21.56％，一人公司的稅負比個人獨資企業的稅負低6.68個百分點。
從上面的例子可以看出，企業所得稅法取消了計稅工資限制后，個人獨資企業的所得稅稅負并不一定始終低于一人公司稅負，并且一人公司以有限責任公司的形式出現，只承擔有限責任，風險相對較小；個人獨資企業由于要承擔無限責任，風險較大。因此，投資者要綜合考慮所得稅稅負及各方面的因素，選擇設立適合自身實際情況的企業組織形式，以實現投資效益的最大化。 |
